2020.10.26丨Error: Invalid chromosome code ‘27‘ on line 46287 of .map file. Plink报错解决方法

  • 通过gatk获得vcf文件后，对SNP位点进行分析前，需要通过plink将vcf文件转换成ped/map，以及bed文件，方便后期进行分析
  • 使用Plink对vcf文件进行转换
    • 运行代码
      • plink --file GT1 --make-bed --out GT1_test --noweb

        报错

        • 图示
  • 我测试的数据是虹鳟鱼，染色体有29对，plink默认是人类染色体（23对）
  • 第一次尝试解决
    • 搜索发现，plink有个--allow-extra-chr(--aec)的参数，使用此参数可以允许染色体增加
    • 结果还是报错
  • 第二次尝试解决
    • 翻墙得到指点，使用低版本的plink可以避开这一问题，于是下载plink 1.07版（--noweb是取消加载官网页面）
    • ~/soft/plink-1.07-x86_64/plink --file GT1 --make-bed --out GT1_test --noweb

       

    • 成功
  •  
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