大数据处理新手，第一次尝试进行数据处理。
之前没有用过Linux，参照Win10系统上直接使用linux子系统教程（仅需五步！超简单，快速上手）这篇文章进行了Windows terminal和Ubuntu的安装，非常方便。
简单记录一下这次遇到的一些问题和解决方法
（1）创建小环境报错，按之前的解决办法尝试修改.condarc,再次报错：CondaHTTPError
怀疑是因为小环境重名，尝试重新命名小环境为srna
等待过程中检查上次报错信息发现：HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.网络连接问题是间断出现的，可以继续重新尝试创建小环境。
改用conda create -n rna python=3后成功创建小环境并安装python3
**（2）安装软件报错：**网络问题。感觉是玄学，多试几次。
删了一个报错的channel，加了一个中科大的channel。还是玄学，时行时不行的，随缘吧。
参考链接：
【1】增加中科大channel
【2】remove命令和show命令的使用（场景conda删除channel ）
（3）安装完成后，检查安装是否成功–help出现command not found，尝试重新下载提示已下载成功。
再次尝试报错：samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
再次尝试：输入sudo su后切换到root，https://blog.csdn.net/github_38336924/article/details/82692075切换回普通用户依然报错
尝试卸载重装，发现重新切回普通用户后没有显示路径只有一个~，害怕。重启后又回来了。
暂时放弃尝试，先开始处理。
备选方案：sudo ln -s /usr/lib64/libtinfo.so.6.1 /usr/lib64/libtinfo.so.5
（4）fastq-dump无法打开sra文件，怀疑是因为之前下载有误，下载得到的文件为3.46G，而官网显示为3.47G。删除后重新下载。
折腾了几个小时发现是因为文件名中不包含.sra，而我一直试图打开一个.sra文件，无语了
（5）gzip解压缩失败：
gzip: stdin: unexpected end of file
tar: Unexpected EOF in archive
tar: Unexpected EOF in archive
tar: Error is not recoverable: exiting now
网上搜索后发现原因可能是该源码包在下载过程中被破坏。
重新自查后发现是因为之前用wget命令下到一半的文件没有删掉，而且用其它下载软件下载好的文件放的目录位置不对，应该放在新建的index目录下，但是直接放在了主文件目录下。
修改路径后解压成功。
（6） 开始比对得到SAM过程中，电脑处理非常缓慢，30h+仍未完成，并出现灰屏现象。
强制重启后重新进行，希望可以快一点比对好…
（7）换了台电脑。
比对出现花屏：可能是路径问题。将生成的SAM文件存储位置设置为与两个fq文件相同的路径，顺利进行中。（18:18开始）（15分钟左右运行成功结束）
（8）使用featureCounts进行基因表达水平分析，报错：
buffer overflow detected : terminated
Aborted (core dumped)
尝试：
（1）重启Ubuntu后仍然有相同报错；
（2）网上搜索后，发现应该是缓存空间不够，重启电脑试试。
重启电脑后成功运行。
终于做完了，总结一下，做大数据处理，有一台空间够并且处理速度够的电脑真的很重要。换了一台电脑连安装包什么的都不报错了，基本上畅通无阻地做完了作业，ε=(´ο｀*)))