如何绘制韦恩图

1.什么是韦恩图？

​ 维恩图用于展示在不同的事物群组（集合）之间的数学或逻辑联系，尤其适合用来表示集合（或）类之间的“大致关系”，它也常常被用来帮助推导（或理解推导过程）关于集合运算（或类运算）的一些规律。 一般个数在2到7组之间。

2.绘图前的数据准备

​ demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/Venn/Venn.rar下载。

该模块支持2种数据格式，下面是详细介绍

2.1 韦恩图常用数据格式

第一行为组名，必须要有，会出现在图中。每一列都是一个分组。

2.2 定量矩阵表格式

每行是一个基因，每列是个样本。行名和列名都要有，数值是定量值。

3. R语言怎么画韦恩图

# 加载R包，没有安装请先安装  install.packages("包名") 
library(venn)         #韦恩图（venn 包，适用样本数 2-7）
library(VennDiagram) 

# 读取数据文件
venn_dat <- read.delim('https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/Venn/flower.txt')                      # 这里读取了网络上的demo数据，将此处换成你自己电脑里的文件
venn_list <- list(venn_dat[,1], venn_dat[,2], venn_dat[,3], venn_dat[,4], venn_dat[,5], venn_dat[,6], venn_dat[,7])   # 制作韦恩图搜所需要的列表文件
names(venn_list) <- colnames(venn_dat[1:7])    # 把列名赋值给列表的key值

#作图
venn(venn_list,
     zcolor='style', # 调整颜色，style是默认颜色，bw是无颜色，当然也可以自定义颜色
     opacity = 0.3,  # 调整颜色透明度
     box = F,        # 是否添加边框
     ilcs = 0.5,     # 数字大小
     sncs = 1        # 组名字体大小
     )

# 更多参数 ?venn查看

# 查看交集详情,并导出结果
inter <- get.venn.partitions(venn_list)
for (i in 1:nrow(inter)) inter[i,'values'] <- paste(inter[[i,'..values..']], collapse = '|')
inter <- subset(inter, select = -..values.. )
inter <- subset(inter, select = -..set.. )
write.table(inter, "result.csv", row.names = FALSE, sep = ',', quote = FALSE)

4. BioLadder生信云平台在线绘制韦恩图

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网址：https://www.bioladder.cn/web/#/chart/19