运用R语言绘制小提琴图

运用R语言绘制小提琴图

一、概念

小提琴图是一种绘制连续型数据的方法,可以认为是箱形图与核密度图的结合体,与此同时,还可使用核密度图展示数据分布的‘轮廓’效果,‘轮廓’越大,即意味着数据越集中于该处,反之则说明该处时数据越少。当然了,在小提琴图中,我们可以获取与箱形图中相同的信息。

  • 中位数(小提琴图上的一个白点)
  • 四分位数范围(小提琴中心的黑色条)。
  • 较低/较高的相邻值(黑色条形图)--分别定义为第一四分位数-1.5 IQR和第三四分位数+1.5 IQR。这些值可用于简单的离群值检测技术,即位于这些 "栅栏"之外的值可被视为离群值。

二、绘图

单组

#加载包
> library("BiocManager")
> library("ggplot2")
> library("reshape2")
> library("ggtree")
> library("plyr")
> library("ggpubr")
> ####数据准备####
> content <- read.table(file="content.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1,check.names=TRUE)
&g

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