短序列比对及可视化

新建一个文件夹作为工作目录，并将数据拷贝进该工作目录。

查看fastq文件：

BWA序列比对：建立索引、比对生成sam文本文件、转化sam文件为较小的bam二进制文件。

sam文件格式为数据的可重复使用性得到了极大的提升。

由于bam文件为二进制文件，所以需要借助samtools进行查看。

查看bam文件命令： samtools view -h [目标文件名] | less -SN

可视化IGV：建立参考序列索引，获取fai文件；

根据alignment position进行排序，即按照比对后序列所在参考序列位置的先后顺序进行排序；

建立目标文件索引，获取bai文件。

打开IGV：

IGV可视化界面：

参考序列：

比对结果：

其中，有颜色的位点代表不匹配的位点。上方的峰值代表该位置匹配到的短序列个数。