一、在安装monocle包以前需要先安装一下依赖包，这里在R里面安装好：

if (!requireNamespace("DDRTree", quietly = TRUE))
  install.packages("DDRTree")
if (!requireNamespace("pheatmap", quietly = TRUE))
  install.packages("pheatmap")
if (!requireNamespace("Seurat", quietly = TRUE))
  install.packages("Seurat")
if (!requireNamespace("dplyr", quietly = TRUE))
  install.packages("dplyr")

二、安装monocle2包，这里在conda环境中安装：

注：之前安装R的时候在conda创建了R环境，可直接在R环境中:安装:

#先看一下版本
conda search monocle
#安装monocle 2.18.0版本
conda install bioconductor-monocle==2.18.0

之前没有创建conda环境的可以先创一个环境，再安装monocle2:

#先看一下版本
conda search monocle
#创建monocle2的环境
conda create -n monocle2
#激活monocle2环境
conda activate monocle2
#安装monocle 2.18.0版本
conda install bioconductor-monocle==2.18.0

#在R里面加载
library(monocle,lib.loc="刚刚创建的monocle3环境所在路径/lib/R/library")

三、安装monocle3，这里在conda环境中安装：

方法同上，也是

之前安装R的时候在conda创建了R环境，可直接在此R环境中安装:

#先看一下版本
conda search monocle
#安装monocle 3版本
conda install r-monocle3

#在R里面加载
library(monocle)

之前没有创建conda环境的可以先创一个环境，再安装monocle3:

#先看一下版本
conda search monocle
#创建monocle3的环境
conda create -n monocle3
#激活monocle3环境
conda activate monocle3
#安装monocle3版本
conda install r-monocle3

#在R里面加载
library(monocle,lib.loc="刚刚创建的monocle3环境所在路径/lib/R/library")