在进行微生物多样性分析时，大家一定会想做微生物群落与环境因子之间的关联性分析，其中RDA分析便能帮助我们解析微生物群落与环境因子之间的相关性问题。
RDA分析即冗余分析，是环境因子约束化的PCA分析，可以将样本和环境因子反映在同一个二维排序图上，从图中可以直观地看出样本分布和环境因子间的关系。CCA分析是基于对应分析发展而来的一种排序方法，将对应分析与多元回归分析相结合，每一步计算均与环境因子进行回归，又称多元直接梯度分析。此分析主要用来反映菌群与环境因子之间关系。RDA是基于线性模型，CCA是基于单峰模型。分析可以检测环境因子、样本、菌群三者间的关系或者两两之间的关系。
RDA分析-
Canoco 5
Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。
使用教程
01
准备物种数据与环境数据，至于物种数据在门水平或者其他水平读者自行选取，本文以属水平为例。
物种数据表格列为物种相对丰度或OTU数，行为样本名；环境数据表格列为我们关注的环境因子(如pH、EC等)，同样行为样本名。两个数据表保存为excel格式即可。
02
打开Canoco 5软件
点击File导入文件
点击Add files，选择之前保存的物种数据和环境因子数据表，点击Next
将箭头指向框里的1改为2
选择物种表，在Table name中改为Microbe
点击Next
选择环境因子表格，名称改为Env
点击Finish
选择constrained……
点击Next
选择RDA/CCA(本文以RDA为例)，点击Next
点击Next
点击Finish
点击Yes
点击Yes
点击Include直到出现最后一个弹框，然后点击Ok
红框中出现信息就是每个环境因子的解释量等信息
点击左下角New......
点击Next
点击Next
选择红色箭头的选项
将右边框的环境因子移动到左边框，去除某些不显著的环境因子，本例中不去除
点击Next
选择红色箭头所指的选项
点击Finish
点击Yes
后面的操作与前面的一致
03
详细信息出来后，图像随之也出来，点击Graph1即可查看物种与环境因子之间的关系，Graph2查看样本与环境因子之间的关系
如果想要同时查看物种、样本与环境因子之间的关系，可在Graph选项中选择Triplots，选择with environmental variables。
选择图像中的元素点击右键可进行编辑和修改
最后该软件可到处tiff等图像，同时也能到处PDF和AI格式的矢量图进行后续美化编辑。
*部分素材来源网络，侵删！
THE END
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