2019年10月24日(UTC-4)微信公众号
近日,我已经通过conda-build[1]构建了deepmd-kit(含lammps模块)的conda packges[2],并用constructor[3]打包了离线安装包。下介绍安装方法及注意事项:
一、conda安装
安装conda后,使用以下命令安装GPU版:
conda install deepmd-kit=*=*gpu lammps-dp=*=*gpu -c deepmodeling
将gpu改为cpu即可安装CPU版:
conda install deepmd-kit=*=*cpu lammps-dp=*=*cpu -c deepmodeling
如需指定版本,需将两个等号中间的*号改为版本号(目前有1.0.1和0.12.8):
conda install deepmd-kit=1.0.1=*cpu lammps-dp=1.0.1=*cpu -c deepmodeling
二、离线安装
至 https://github.com/njzjz/deepmd-kit-recipes/releases 下载v1.0.1离线安装包(也提供了百度网盘链接):

下载后执行以下命令,按提示操作即可。
sh deepmd-kit-1.0.1-*pu-Linux-x86_64.sh
三、使用与注意事项
dp和lmp分别为deepmd-kit主程序与lammps:
dp -h
lmp -h
GPU版本已经包含CUDA 10.0,需要注意的是CUDA 10.0仅支持NVIDIA驱动410.48以上,详情可参见NVIDIA官网 https://docs.nvidia.com/deploy/cuda-compatibility/
运行dp命令时,应设置环境变量KMP_BLOCKTIME=0
和 KMP_AFFINITY=granularity=fine,verbose,compact,1,0
,否则会导致高达50%的性能损失。这是由于anaconda numpy一个存在多年的bug[4]。
参考
- ^conda-build https://github.com/conda/conda-build
- ^deepmd-kit-recipes https://github.com/njzjz/deepmd-kit-recipes
- ^constructor https://github.com/conda/constructor
- ^numpy/numpy#12374 https://github.com/numpy/numpy/issues/12374
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