lammps建模_Lammps经验谈之有机小分子建模及oplsaa力场使用

前言 ：有一部分工作中，需要大家做一些关于乙醇等有机小分子的模拟工作。本文作者自动化等专业的背景，学习一些常用的ms等方法实在有极大的难度。特别地，目前一些方法虽然简单，但是具体参数有不同的问题。比如作者同北航的一位小伙伴交流后发现，有一个数据库中乙醇建模后的总电荷数非0！这在lammps计算时会报错。经过一段时间的研究之后，作者自创了一条新的获取有机小分子data文件的路线。在此与各位网友分享。 一、有机小分子建模     思想：1)用packmol+vmd填充到指定的区域中，得到每个原子的坐标；2)使用matlab编程，读上一步得到的*.data文件中的坐标信息，写入原子类别、电荷、速度等信息，再加入键、角、二面角等信息。     1)*.PDB文件的获取     乙醇的*.pdb文件可以在网上找到，而对于乙醇以外的分子模型，可以通过 http://www.rcsb.org/structure/5YTU     找到*.sdf文件。然后通过openbabel软件，将*.sdf转换成.pdb。这里的pdb文件只有一个分子！注意： *.sdf文件是没有氢原子的。如果做opls-aa，需要选中下图中的选项。     2)生成*.data文件     使用packmol生成基本的坐标文件。 *.inp文件的写法可以参考博文:     http://blog.sciencenet.cn/blog-548663-994817.html。     得到一个包含所有要的分子集合的*.pdb文件。     接下来打开vmd，导入刚刚生成的*.pdb文件。然后点击extensionsàTk Console，在新弹出的窗口输入topowritelammpsdata *.data。*号是我们要的文件名。这样就得到了每个原子的坐标信息。     3)写data文件     使用matlab编程，读刚刚的data文件中有用的信息——原子坐标。 主要命令如下：      然后用函数    写各种data文件前面的信息。     Data文件中包含的原子序号、类型数、电荷数等等都用for... end循环写入到一个矩阵中，再用fprintf函数写到*.data文件中。     注意： 一定要让类型数、电荷数、键、角、二面角与真实的对应！ 另外： 本人写了近 1000 行的 *.m 程序。编程思想读者可参考： Lammps经验谈之基于matlab的数据前处理 篇幅所限，程序不再粘贴。有兴趣读者可与本人联系。     二、opls-aa力场         此外，opls-aa力场与其他力场的混合使用作者目前研究地并不深入。只发现在手册中有提及opls与tersoff混合的内容。但是具体使用时并没有调通。这个也需要广大网友帮助作者进行深入研究。 今天的内容就介绍到这里。 欢迎交流沟通。转载请注明作者！ 作者邮箱： liurun@jlu.edu.cn 学习更多MD知识 欢迎各位扫码关注