转录组测序分析项目及方法汇总
基于生工教学手册-从0开始解读转录组整理
1、常见测序成分及差异分析，可视化方法。
| 项目 | 方法 | 工作环境 |
|---|---|---|
| PCA主成分分析 | vegan package | R package |
PCoA 主坐标分析 | vegan package | R package |
| NMDS 非度量多维尺度法 （用以降维分析保留次第关系） | Vegan package 样本距离：bray curtis 聚类树构建：hclust | R |
| 样本间间距箱线图 | ||
| 样本间距离热图 | gplots | R |
| Anosim组间相似性分析 | vegan | R |
| 组表达量差异 | 不同组的箱线图 | |
| 组表达量密度曲线 | 某一表达量占总体的比例 | |
| 表达差异分析 | DEGseq | R |
| 基因表达量差异 | ||
| 火山图 | 同时综合p值以及foldchange值 | |
| 散点图 | 点之间的差异 | |
| MA图 | 标准化的好坏，看样本的表达趋势 | |
STRING 蛋白互作表达分析 | igraph | R |
差异基因韦恩图 比较不同样本间差异基因的覆盖程度 | VennDiagram | R |
| 差异基因热图 | gplots | R |
| 基因表达聚类分析 | gplots | R |
| 表达模式箱线图 | 通过不同的样本看该类基因表达模式差异 |
2、基于数据库的差异分析及富集分析
利用差异基因-注释到通路，再注释到功能上，基因-通路-功能。然后通过比较差异基因的数量、对一个功能的匹配程度、p值等信息，富集出有差别得功能，然后讲功能之间再进行关联。然后可以分析基因-基因，基因-功能，功能-功能得关系。
GO KEGG COG/KOG
GO数据库-基因功能体系：分子功能、位置、生物学功能。
KEGG 多维度数据分析及注释。KO即为KEGG注释
COG/KOG 不同物种之间的相同簇的基因成员，体现进化及功能特征。
| GO | 差异基因的GO注释分类柱状图 | 柱状图 |
| KEGG | 差异基因功能代谢通路图 | |
| KEGG/KO | 功能富集分析表 | |
| KEGG/KO | 功能富集散点图 | |
KEGG/KO 功能富集关联分析 | igraph package | R |
| 显著性GO有向无环图（DAG） | topGO进行GO富集 clusterProfiler进行功能富集分析 |
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