conda是生物信息分析必备的环境，集成了很多优秀的软件，关键是解决了依赖包的问题，很好用。记录一下我安装conda的心得。
conda有miniconda和anaconda，我推荐还是使用miniconda吧，自己去安装一些东西，可能好使用一些。
conda的下载
下载对应版本即可，我下载的是linux的64位版本。
进入/root目录
cd /root
下载conda：
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
conda的安装
安装命令：
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
一路安装下来，最后一步，一般选择no，不把conda加入环境，避免启动系统的时候就加载conda，后面我们想办法，让他在需要的时候再启动。
如果没有选择no取消自动启动，那么登录shell的时候自动进去base环境，我们可以运行命令conda config --set auto_activate_base false来取消，如果反悔了，可以使用命令conda config --set auto_activate_base true来重新自动进入base环境。
个人习惯，我喜欢把我的东西放到一个比较大的挂载分区，一般不和系统放在一起。
我把conda安装到/www/soft/miniconda3。
安装完成之后，输入命令：cd /www/soft/miniconda3/bin
chmod 777 activate
然后把conda启动：
. ./activate
然后建立单独的自用环境
conda create -n pepper python=2
聪明人一眼就可以看出来，建立环境的作用就是可以区分python，分别建立python2和python3的环境，那么在不同的环境就可以使用不同版本python的软件。
然后把这个环境的启动加入bashrc。
输入命令：
vim ~/.bashrc
insert以下命令：
alias condapepper='. /www/soft/miniconda3/bin/activate pepper'
也可以把这条命令单独放一行，重新加载一次系统配置使得alias命令生效，并且自动进去pepper环境
source ~/.bashrc
重启一样的效果。
然后输入命令
condapepper
成功启动conda的pepper环境。
加入频道conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda的卸载
如果你是想卸载conda然后重装，那么最好先关闭相关目录进程
运行命令
fuser -km /www/soft/miniconda3/
然后
rm -rf /www/soft/miniconda3/
conda的环境的退出
conda deactivate
特别提示：
如果在.bashrc文件中设置了登陆系统时自动进入canda的自定义环境，那么在本地登录系统想使用桌面的时候，一定要先退出环境，不然运行“startx”将出现错误，无法登录。
常用命令
查看condaconda info
查看包conda list
查看环境清单conda env list
安装包，比如snpeffconda install snpeff
安装指定版本包，比如snpeff v4.3conda install snpeff=4.3
删除包conda uninstall snpeff
从当前环境中移除包conda remove snpeff
更新某个包，比如snpeffconda update snpeff
更新所有包conda update --all
更新condaconda update conda
出了各种各样不知名的错误之后可以尝试这个命令
取消自动base环境命令conda config --set auto_activate_base false
使用自动base环境命令就是设置为true了
取消SSL命令conda config --set ssl_verify false
删除虚拟环境conda remove -n pepper --all
pepper为虚拟环境名称
删除虚拟环境中的某个包conda remove --name pepper snpeff
pepper为虚拟环境名称，snpeff为包名
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