python_从一个字符串中截取指定字符

1、代码

str1 = '>tr|K6Z612|K6Z612_9ALTEBetalactamase Toho1 OS=Glaciecola arctica BSs20135 GN=bla PE=4 SV=1'
re1 = str1.split('|')
print(re1)
re2 = str1.split('|')[1]
print(re2)

我的需求是从str1字符串中来截取| |直接的内容两个分割的结果如下图所示，第一行是先对fastaname进行截取，然后分为三部分，之后我们对截取的内容直接取第二个即可。

2、读取文件
当fastaname数据太多，数据来自fasta文件的时候。先读取文件，然后遍历取出文件（从列表中来取元素），最后从字符串中进行指定字符串进行提取。

import csv

with open('readcsv_test01.csv', 'r') as f:
    # 把需要读取的文件和这个python文件放到一个路径下
    reader = csv.reader(f)
    print(type(reader))

    for row in reader:
        print(row)#列表
        # print(type(row))#打印类型——列表

    rowStrings=row#把列表中的内容赋值给另外一个字符串
    for rowString in rowStrings:#遍历
        print(rowString)
    re1 = rowString.split('|')
    print("======re1=======")
    print(re1)
    re2 = rowString.split('|')[1]
    print("======re2=======")
    print(re2)

3、读取数据存入文件

import csv

with open('readcsv_test01.csv', 'r') as f:
    # 把需要读取的文件和这个python文件放到一个路径下
    reader = csv.reader(f)
    print(type(reader))

    for row in reader:
        print(row)
        # print(type(row))#打印类型——列表

    rowStrings=row
    for rowString in rowStrings:
        print(rowString)
    re1 = rowString.split('|')
    print("======re1=======")
    print(re1)
    re2 = rowString.split('|')[1]
    print("======re2=======")
    print(re2)

    #把结果在写入csv文件
    tmp = open("writercsv_test02.csv", 'w', newline='')  # r只读模式,newline 新行
    writer = csv.writer(tmp, delimiter=' ')  # reader是一个迭代器，delimiter分隔符
    writer.writerow([1])
    writer.writerows([[re2]])
    tmp.close()
    print("======close=======")