今天是第一讲,带你走进R的世界。
R是用于统计计算和数据可视化的免费且功能强大的编程语言。 R可用于计算各种经典的统计检验,以及各种最新的统计学建议方法。以小编使用R近10年的经验来看,论文中有什么最新最高级统计学方法,99%都能找到相应的R软件包或者功能实现。这不仅适用于我们平时对普通生物统计的需求,更是涵盖了生物信息学,高级统计学等对统计能力要求更高的学科。 使用R可以绘制许多类型的图,包括:箱形图,直方图,密度曲线,散点图,线图,条形图,基本上论文上你能找到的图,95%都可以通过R轻松绘出。解决了很多小伙伴想画一个高级图而不得的麻烦。1. 与SAS,SPSS,STATA比,R是开源的,免费的。虽然小伙伴在市面上也可以获得其他软件的破解版,但是对于有些要求严格的杂志来说,会要求作者出示软件许可信息。同时,使用破解版的软件会对自己电脑的网络安全产生影响。 2. 通过将脚本的方式,可以将结果嵌入单个文件中,R可以实现快速重复相似分析。 比如导师要求你用四个不同的人群做同样的分析,或者课题进展过程中因为一些小变动,图、表或者分析需要重新做,拥有了R的脚本代码备份,你只需要将初始的数据换成新数据即可轻松完成所有任务。 3. R是跨平台兼容的 因此可以安装在Windows,MAC OSX和Linux上 4. R提供了多种统计技术和图形功能。 5. R具有高度的可扩展性。 它具有成千上万个有据可查的扩展软件包(称为R包),适用于金融部门,医疗保健等领域的广泛应用。 大部分的分析,我们只需要使用特定R包的特点功能,就可以轻松实现。 同时,每一个R包及功能,都有质量可控的详细介绍以及相关论文支撑。 确保了其功能的准确可靠性。1. 用R的理由
R软件和其可视化姐妹版Rstudio可以分别在其官网获得。2. R软件的安装
- R:https ://cran.r-project.org/
- Rstudio:https ://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
都是是基于R语言对数据进行分析和作图。
不同点:R软件完全免费,但是功能多样性少。Rstudio在一定程度上将R软件的很多内容做成了一个个窗口可视化了,比如设置工作路径,查看帮助,输出图表,快速查看表格内容等。对于新手来说,更加容易上手。
虽然Rstudio它分为收费版和免费版,但我们使用免费版完全够用了。
R软件 首次使用R时,在Windows和MAC OSX下的设置工作目录过程如下:在“文档”文件夹中创建一个子目录,例如R。R将使用此子文件夹(也称为工作目录)来读取和保存文件。双击图标启动R。将工作目录指定为R:在Windows上:File –> Change directory在MAC OSX上:Tools –> Change the working directory Rstudio3. 运行RStudio以及设置工作目录
(RStudio屏幕) RStudio是一个四窗格工作区,用于1)创建包含R脚本的文件,2)键入R命令,3)查看命令历史记录,4)查看绘图等。 左上方面板:代码编辑器,可用于创建和打开包含R脚本的文件。R脚本是记录工作的地方。可以如下创建R脚本:File –> New –> R Script。 左下面板:用于输入R命令的R控制台 右上方面板:工作区选项卡:显示你在R会话期间创建的R对象的列表历史记录选项卡:显示以前所有命令的历史记录 右下面板:文件选项卡:显示工作目录中的文件绘图选项卡:显示你创建的绘图的历史记录。在此选项卡中,你可以将绘图导出为PDF或图像文件软件包选项卡:显示系统上可用的外部R软件包。如果选中,则将程序包装入R。你可以按以下方式更改工作目录:在“文档”文件夹中创建一个名为“ R”的子目录在RStudio中,使用菜单在Session > Set Working Directory > Choose Directory目录下更改你的工作目录。选择你在步骤1中刚刚创建的目录也可以使用R函数setwd(),它代表“设置工作目录”。比如在windows下,可以设置工作目录如下:4. 更改工作目录
setwd("c:/Documents/my/working/directory")如果你想知道当前(或默认)的R工作目录,请键入命令getwd(),该命令代表“获取工作目录”。每次打开RStudio时,默认的工作目录都是一个文件夹。你可以从RStudio菜单下的默认工作目录中更改:Tools –> Global options –> browser以选择所需的默认工作目录。 关闭你的R / RStudio会话 每次关闭R / RStudio时,系统都会询问你是否要保存R会话中的数据。如果决定保存,数据将在以后的R会话中可直接使用。 ✎ Tip 小编的建议是,尽量不要选择保存,因为这会占用你很大的电脑内存。5. 设置默认工作目录
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在之后的更新中,我们会进一步为您介绍R的入门,以及常用生物统计方法和R实现。欢迎关注,投必得医学手把手带您走入R和生物统计的世界。当然啦,R语言绘图的掌握是在长期训练中慢慢积累的。一个人学习太累,不妨加入“R与统计交流群”,和数百位硕博一起学习。 快扫二维码撩小编, 带你进入R与统计交流群, 让我们共同进步! ↓↓↓
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