ITK-SNAP
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ITK-SNAP是一款可应用于分割3D医学图像的软件。来自于宾夕法尼亚大学图像计算与科学实验室(PICSL)和犹他大学成像研究所(SCI)长达十年的合作成果，其愿景是创建一个专用于特定功能、分割的工具，并且易于使用和学习。
特点：免费、开源、多平台
ITK-SNAP使用主动轮廓方法以及手动描绘和图像导航提供半自动分割。除了这些核心功能外，ITK-SNAP还提供许多支持实用程序。ITK-SNAP的一些核心优势包括：用于无缝3D导航的链接光标
一次在三个正交平面上手动分割
基于Qt的现代图形用户界面
支持许多不同的3D图像格式，包括NIfTI和DICOM
支持多个图像的并发，链接查看和分段
支持彩色，多通道和时变图像
3D切割平面工具，用于快速后处理分割结果
丰富的教程和视频文档
与其他更大的开源图像分析工具相比，ITK-SNAP设计专注于图像分割问题，并将无关或无关的特征保持在最低限度。该设计还强调交互和易用性，大部分开发工作专用于用户界面。
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Image J
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ImageJ基于JAVA开发，使用时需要加载JAVA SDK
ImageJ可以显示，编辑，分析，处理，保存和打印8位，16位和32位图像。它可以读取许多图像格式，包括TIFF，GIF，JPEG，BMP，DICOM，FITS和“raw”。它支持“堆栈”，一系列共享单个窗口的图像。它是多线程的，因此可以与其他操作并行执行诸如图像文件读取之类的耗时操作。它可以计算用户定义选择的面积和像素值统计。它可以测量距离和角度。它可以创建密度直方图和线轮廓图。它支持标准图像处理功能，如对比度操作，锐化，平滑，边缘检测和中值滤波。
除了以上的基础功能，Image J还提供众多的插件，如果想使用Image J对医学数据进行分割，可以下载相关的插件。插件网址：请点击此处
Fiji
Fiji是一款初始化时便捆绑了众多插件的Image J。
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MIPAV
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&emps;&emps;MIPAV(医学图像处理，分析和可视化)应用程序可以对多种形态的医学图像进行定量分析和可视化，例如PET，MRI，CT或显微镜。使用MIPAV的标准用户界面和分析工具，远程站点(通过互联网)的研究人员可以轻松共享研究数据和分析，从而提高他们研究，诊断，监测和治疗医学疾病的能力。 &emps;&emps;同样MIPAV是一个JAVA的应用程序。
&emps;&emps;MIPAV旨在实现以下目标：开发计算方法和算法来分析和量化生物医学数据;
与其他研究中心的NIH研究人员和同事合作，将信息分析和可视化应用于生物医学研究问题;
开发工具(硬件和软件)，使我们的合作者能够分析生物医学数据，以支持生物医学知识的发现和进步。
&emps;&emps;成像已成为生物医学研究和临床实践的许多领域的重要组成部分。生物学家研究细胞并生成3D共聚焦显微镜数据集，病毒学家从显微照片中生成病毒的3D重建，放射科医师从MRI和CT扫描中识别和量化肿瘤，神经科学家从PET和功能性MRI扫描中检测区域代谢大脑活动。分析这些不同类型的图像需要复杂的计算机化量化和可视化工具。为了支持NIH校内计划的科学研究，CIT在开发独立于平台的，n维，通用，可扩展的图像处理和可视化程序方面取得了重大进展。
重点提示：MIPAV可用于图像分割标注
使用说明：MIPAV使用文档